Hội đồng tối cao là cơ quan cao nhất của tổ chức, gồm nguyên thủ của các quốc gia thành viên. Đây là thực thể ra quyết định cao nhất của GCC. Hội đồng tối cao thiết lập tầm nhìn và mục tiêu của Hội đồng Hợp tác Vùng Vịnh. Quyết định trên các vấn đề trọng yếu cần phải được phê chuẩn nhất trí, trong khi các vấn đề thủ tục yêu cầu có đa số. Mỗi quốc gia thành viên có một phiếu.[26]

Hội đồng Bộ trưởng gồm bộ trưởng ngoại giao của toàn bộ các quốc gia thành viên, ba tháng họp một lần. Cơ cấu chủ yếu chế định các chính sách và đề xuất thúc đẩy hợp tác và thực hiện phối hợp trong các quốc gia thành viên khi thi hành các dự án đang triển khai. Các quyết định của nó được đệ trình theo hình thức khuyến nghị đến Hội đồng Tối cao để phê chuẩn. Hội đồng Bộ trưởng cũng chịu trách nhiệm chuẩn bị cho hội nghị Hội đồng Tối cao và chương trình nghị sự tại đó. Thủ tục bỏ phiếu tại Hội đồng Bộ trưởng tương tự như tại Hội đồng Tối cao.[26]

Ban Thư ký là nhánh hành chính của Hội đồng Hợp tác Vùng Vịnh, nó đưa ra các quyết định theo thẩm quyền và thi hành các quyết định do Hội đồng Tối cao hoặc Hội đồng Bộ trưởng phê chuẩn. Ban Thư ký cũng biên soạn các nghiên cứu liên quan đến hợp tác, phối hợp, và lập kế hoạch để hành động chung. Họ chuẩn bị các báo cáo định kỳ liên quan đến các công việc được GCC hoàn thành và về thi hành các quyết định của họ.[26]

Ngày 15 tháng 12 năm 2009, Bahrain, Kuwait, Qatar và Ả Rập Xê Út tuyên bố lập một Hội đồng Tiền tệ để lưu thông một tiền tệ duy nhất cho liên minh. Ban hội đồng lập thời gian biểu và kế hoạch hành động nhằm lập một ngân hàng trung ương và chọn một chế độ tiền tệ, họp lần đầu vào ngày 30 tháng 3 năm 2010. Bộ trưởng Ngoại giao Kuwait Mohammad Sabah Al-Sabah nói vào ngày 8 tháng 12 năm 2009 rằng một tiền tệ duy nhất sẽ mất mười năm để thiết lập. Mục tiêu ban đầu là năm 2010. Oman và UAE sau đó tuyên bố rút khỏi tiền tệ được đề xuất.

Năm 2014, các động thái lớn được tiến hành nhằm đảm bảo ban hành một tiền tệ chung. Ngoại trưởng Kuwait nói rằng một tiền tệ sẽ được thực hiện mà không trì hoãn. Các cuộc đàm phán với UAE và Oman nhằm mở rộng liên minh tiền tệ được khôi phục.[23]

Văn phòng Sáng chế GCC được phê chuẩn vào năm 1992 và thành lập ngay sau đó tại Riyadh, Ả Rập Xê Út.[27] Các đơn thỉnh cầu được nộp và tiến hành bằng tiếng Ả Rập trước Văn phòng Sáng chế GCC tại Riyard, một văn phòng riêng biệt khỏi Văn phòng Sáng chế Ả Rập Xê Út.

Trong khởi nghĩa Bahrain 2011, Ả Rập Xê Út và UAE phái binh sĩ trên bộ đến Bahrain nhằm bảo vệ cơ sở hạ tầng sống còn như sân bay và đường sá.[6][28][29][30] Kuwait và Oman kiềm chế không gửi quân.[6][31] Thay vào đó, Kuwait phái đến một đơn vị hải quân.[32]

Trong tháng 9 năm 2014, các thành viên GCC là Ả Rập Xê Út, Bahrain, UAE, Qatar cùng quốc gia đang đệ trình làm thành viên là Jordan khởi đầu chiến dịch oanh tạc chống ISIL tại Syria. Tuy nhiên, Ả Rập Xê Út và UAE nằm trong số các quốc gia phản đối Anh em Hồi giáo tại Syria, trong khi Qatar có lịch sử ủng hộ. Họ cũng cam kết các ủng hộ khác bao gồm vận hành cơ sở đào tạo cho phiến quân Syria (Ả Rập Xê Út) và cho phép quốc gia khác sử dụng các căn cứ không quân của mình để chiến đấu với ISIL.

Tổ chức Tiêu chuẩn hóa GCC (GSO) bao gồm cả Yemen.[33]

Tổ chức Vùng Vịnh về Tư vấn Công nghiệp (GOIC) được thành lập vào năm 1976 bởi UAE, Ả Rập Xê Út, Oman, Qatar và Kuwait, và đến năm 2009, Yemen gia nhập tổ chức có trụ sở tại Doha này. Sơ đồ tổ chức của GOIC gồm có các thành viên Ban quản trị và Tổng thư ký. Ban quản trị gồm đại biểu của các quốc gia thành viên.[34]